我校的水文学及水资源、环境科学与工程、地下水科学与工程学科的发展源于我校传统专业水文地质与工程地质，已经有50余年的建设和发展历程。水文地质与工程地质专业创立于1952年，国内相继有20余所高校和科研院所开设了“水文地质与工程地质”专业。1981年经国务院批准，“水文地质与工程地质”专业成为我校首批8个博士学位授权点之一。期间，本专业培养的优秀毕业生遍及海内外，并成为我国水文地质工程地质事业起步和发展的中坚力量，其中3人（汪集旸、程国栋、卢耀如）成为中国科学院或工程院院士。

　　1998年7月，教育部修订学科专业目录，“水文地质与工程地质专业”被分解，以“水文地质与工程地质（部分）”名义并入三个二级学科，即“水利工程”一级学科下的“水文学及水资源”（本科专业为“水文与水资源工程”），“环境科学与工程”一级学科下的“环境工程”（本科专业为“环境工程”），“地质资源与地质工程”一级学科下的“地质工程”和“地下水科学与工程”（本科专业为“土木工程”和“地下水科学与工程”）。自此，我校水文学及水资源、环境科学与工程、地质工程（含地下水科学与工程）3个学科并行发展。

　　我校水文学及水资源学科分别于1998年、2003年和2008年被列为湖北省重点学科及湖北省特色学科，也是我校“211工程”建设和“国家985优势学科创新平台”建设的重点学科之一。根据“中国研究生教育评价报告（2006-2007）”，在全国44个“水文学及水资源”学科点中，我校位居第四，在湖北省仅次于武汉大学居第二位；在排名前7位的院校中仅有我校是以地下水文学为特色的“水文学及水资源”学科，其它六所大学均以地表水文学为优势。2008年该学科的本科专业 “水文与水资源工程”顺利通过教育部工程教育认证专家组的检查。

　　我校环境科学与工程学科是湖北省第一个“环境工程”博士学位授予权点，并分别于1998年、2003年和2008年被列为湖北省重点学科（含一级重点学科）。2003年经人事部批准，在我校设立“环境科学与工程博士后流动站” ；2005年获批“环境科学与工程”一级学科博士点。我校是“全国环境工程专业教学指导委员会委员”单位。目前，全国设有环境科学与工程本科专业的高校有298所，拥有一级学科博士点的高校36所，我校是其中唯一一所以地下水为特色的、拥有一级学科博士点的高校。

　　我校地下水科学与工程是2003年在“地质资源与地质工程”一级学科下自设的二级学科点，同年开始招收硕士和博士研究生。2006年，由我校牵头，组织南京大学、吉林大学等16位院士和10名博士生导师联名向教育部提出了《关于设立“地下水科学与工程”专业及一级学位授权点的建议和可行性论证报告》。该报告得到了教育部有关领导的高度重视，同意设立地下水科学与工程本科专业，并建议作为“地质资源与地质工程”的二级学科先行建设。2007年我校开始招收该专业本科生。