地下水与环境教学实验中心与学科紧密结合，实行校、院两级管理，教学与日常工作由环境学院负责，面向全校开放，并依据学校和学科特点，开设面向多学科多专业的实验项目。学院（具体负责实施的单位是实验设备处）负责提供正常运转、维修及更新改造经费。

1、学校在《中国地质大学实验室管理制度》的基础上，制订了一系列仪器设备管理制度。如《仪器设备操作规程》、《仪器设备损坏丢失赔偿办法》、《实验仪器设备借用赔偿管理制度》、《化学危险品的领用和管理制度》和《实验室安全管理制度》等。中心在结合专业实验室的特点，又制定了《地下水与环境实验中心学生守则》、《地下水与环境实验中心低值耐用品管理制度》、《地下水与环境实验中心仪器设备使用管理制度》、《地下水与环境实验中心开放管理办法》和《地下水与环境实验中心网络教学管理办法》等措施，为中心的正常运行和良性循环提供有力的制度保障。

2、每个实验室建立了“仪器设备使用登记簿”，并实行条形码管理，随时可以了解仪器设备的去向和运行状态，做到了帐、物完全相符。

3、根据每种仪器设备的特点分别建立了使用记录和维修记录，大型精密仪器实行专人专门管理，为了保证仪器设备完好率，建立了仪器使用证制度。

4、每学期都定期对仪器设备进行维护检查，保证仪器设备的正常运行。

5、利用中心“教学仪器研发与维护实验室”对教学实验仪器（设备）进行日常维护。

6、学校每年从运行经费中划出一定经费，单独立帐建卡，用于仪器设备的维护和维修，保障了仪器设备的正常运转，仪器维护和维修经费充足。

7、学校和中心专设仪器设备维修人员，维修简单的常用仪器设备，复杂大型仪器设备由保修单位负责，经费学校统一从设备维修费中支付。